学校设置数学系、物理系、化学系、生物系、电子与电气工程系、材料科学与工程系、金融系、环境科学与工程学院、海洋科学与工程系、力学与航空航天工程系、机械与能源工程系、计算机科学与工程系、生物医学工程系、地球与空间科学系等33个院系，开设金融数学、物理学、化学、生物科学、生物医学工程、微电子科学与工程、材料科学与工程、金融学等37个本科专业。

南科大创新人才培养模式，建立学生工作部、团委、书院“三位一体”的学生管理体制。学校以“学分制、书院制、导师制”和“个性化、精英化、国际化”为核心和特色，致力于培养具有“家国情怀、全球视野、综合素养、创新能力”的拔尖创新人才。

南科大全球化

以国际元素、国际视野和国际观念为标志的教育国际化是南方科技大学发展战略的重要组成部分。作为学校教育国际化发展的重要职能部门和南科大对外合作交流的门户，国际合作部紧密围绕学校国际化办学目标和发展战略，以国家教育对外合作交流方针和政策为指导，立足深圳本土，面向全球化和未来，瞄准世界一流大学行列，全力推动南科大国际化进程并认真构建发展路线图。

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